Le projet infrastructure MetaboHUB a pour but de créer une plateforme nationale de métabolomique et de fluxomique et qui devra placer la France parmi les leaders européens dans le domaine. Cette infrastructure va fournir des outils et des services de métabolomique aux laboratoires académiques et aux privés pour faire avancer la recherche et l’innovation dans tous les domaines où la compréhension et l’analyse du métabolome est en enjeu majeur : la nutrition, la santé, l’agriculture et les biotechnologies.
MetaboHUB fédère 4 plateformes de métabolomique et fluxomique (« Bordeaux Metabolome Platform », INRA, Université de Bordeaux et CNRS), « MetabolomeIDF » (Paris-Saclay, CEA et Université Pierre et Marie Curie), MetaToul (Toulouse, Université Paul Sabatier, INSA, INRA, CNRS et INSERM) et “Exploration du Métabolisme ” (Clermont-Ferrand, INRA et Université Blaise Pascal), chaque plateforme ayant développé des méthodes et des connaissances de pointe dans des domaines scientifiques particuliers : la santé, la nutrition, l’environnement et les biotechnologies verte et blanche. La forte synergie entre ces plateformes se traduira dans un premier temps par le partage des méthodes mises en œuvre dans une étude en métabolomique/fluxomique le long de toute la chaîne d’analyse, c’est-à-dire des techniques de paillasse aux outils bioinformatiques (« wet to dry metabolomics »). Le MetaboHUB va ainsi se doter des forces nécessaires à la mise au point de nouveaux outils méthodologiques afin de résoudre les obstacles actuels. Dans un second temps, MetaboHUB mettra ses compétences, méthodes et outils au service de projets d’envergure développés en collaboration avec des acteurs publics et/ou privés.
Des retombées dans les domaines cités plus haut (santé, environnement…) sont attendues.

Contacts :  
Coordinateur : Dominique Rollin - dominique.rollin@inra.fr
Chef de projet : Caroline Sautot - caroline.sautot@inra.fr
www.metabohub.fr

CRB ANIM - Réseau de Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques

L’objectif de ce projet est d’intégrer et de renforcer les centres de ressources biologiques (CRB) conservant du matériel reproductif et du matériel génomique pour les espèces d’animaux domestiques élevées en France, mammifères, oiseaux, poissons et coquillages.
Le réseau CRB-Anim associe des organismes publics de recherche (INRA, CNRS) des établissements d’enseignement supérieur (Université de Tours, Université de Rennes I, AgroParisTech, Ecoles Nationales Vétérinaires) une fondation scientifique (FRB) et deux plateformes privées, le GIE LABOGENA et l’entreprise ANTAGENE, qui hébergent des collections génomiques pour les éleveurs. Cette infrastructure nationale compte 6 nœuds localisés près de Paris, Rennes, Tours et Lyon, qui conservent environ 530000 échantillons biologiques (semence, embryons, cellules, tissus, ADN, ARN). CRB-Anim répond à deux priorités de la stratégie nationale de recherche et d’innovation : (1) santé, alimentation, bien-être et (2) urgence environnementale pour la préservation de la biodiversité. Ce projet figure parmi les lauréats de l’appel à projets des Investissements d’Avenir 2011 et recevra 11 millions d’euros sur une durée totale de 8 ans.
Ce projet répond à deux enjeux majeurs pour la science et la société : l'érosion de la biodiversité, en particulier dans les espèces d'élevage soumises à une sélection intensive, et l'essor de la génomique, qui ouvre une ère nouvelle pour comprendre les relations entre phénotype et génotype et valoriser la richesse phénotypique issue de la domestication des animaux. Ces recherches ont besoin de pouvoir accéder à des échantillons biologiques caractérisés et de disposer d'outils de cryopréservation des ressources biologiques.

Coordinateur : Michèle Tixier-Boichard - michele.boichard@inra.fr
Chef de projet : Laure Akomia - laure.akomia@inra.fr
www.crb-anim.fr

Phenome équipera la communauté scientifique française avec une infrastructure et une série de méthodes capables de caractériser des panels de génotypes de différentes espèces (les principales espèces agronomiques) sous divers scénarios associés aux changements climatiques. Ses objectifs sont (i) construire ou finaliser des plates formes fortement instrumentées sur cinq sites en France, capables dans leur ensemble de répondre aux besoins concernant les principales espèces agronomiques et contraintes environnementales (ii) Développer des applications matérielles et logicielles comportant des sauts technologiques, avec le développement de nouveaux capteurs, méthodes d'analyse et bases de données compatibles avec des millions de données (iii) Diffuser les techniques et méthodes vers la communauté française de phénotypage (sociétés semencières, instituts techniques, recherche publique), et faciliter l'émergence de PME françaises impliquées dans le développement de méthodes de phénotypage. Le consortium de Phenome rassemble 12 groupes académiques et deux instituts techniques

Phenome sera un outil essentiel pour (i) la communauté académique, permettant le développement de programmes originaux de genetique / genomique, (ii) les compagnies semencières privées qui auront accès à l'infrastructure via des collaborations et des contrats bilatéraux, (iii) des PME françaises qui bénéficieront du projet directement via des sous traitances, et indirectement pour leur faciliter l'accès à des marchés internationaux du phénotypage et de l'agriculture de précision.
Le projet a débuté le 1er Septembre 2012.


Coordinateurs :
François Tardieu - francois.tardieu@inra.fr
Jacques Le Gouis - jacques.legouis@inra.fr
Chef de projet : Pamela Lucas - pamela.lucas@inra.fr
www.phenome-fppn.fr