Succès Investissements d'Avenir (2)

Animation et Gestion des PIA

Depuis 2010 Inra transfert accompagne les montages de projets Investissements d'Avenir et les lancements des projets lauréats.
C'est au total 13 projets Investissements d'avenir qui sont aujourd'hui animés et gérés par Inra Transfert répartis en :
- 8 projets de biotechnologies et bioressources
- 3 infrastructures
- 2 démonstrateurs pré- industriels

8 PROJETS DE BIOTECHNOLOGIES ET BIORESSOURCES

BREEDWHEAT porté par l’UMR Diversité et Ecophysiologie des Céréales (DGEC) de l’INRA de Clermont-Ferrand, a pour ambition de soutenir la compétitivité de la filière française de sélection du blé en répondant aux enjeux de société pour une production durable et de qualité.
Ce projet précompétitif est prévu sur 9 ans et représente un investissement total de 34 millions d’euros (dont 9 dans le cadre du programme Investissement d’avenir). Il rassemble 26 partenaires : 13 laboratoires de recherche publique localisés sur différents centres INRA et Universités à travers la France, 10 entreprises et coopératives semencières et spécialisées en biotechnologies, 2 instituts techniques et le pôle de compétitivité Céréales Vallée.
Dans un effort sans précédent, BREEDWHEAT combine de nouvelles technologies de génotypage et de phénotypage à haut débit pour identifier les facteurs génétiques impliqués dans les caractères d’intérêt agronomique tels que le rendement, la qualité et la tolérance aux stress biotiques et abiotiques. Il permettra de développer de nouvelles méthodologies de sélection et utilisera les ressources génétiques inexploitées pour identifier et combiner des allèles d’intérêts pour de nouvelles variétés plus performantes dans des conditions de culture respectueuses de l’environnement et adaptées au changement climatique.
Le projet a débuté le 1er septembre 2011.

Contacts :
Coordinateur : J. Le Gouis – jacques.legouis@clermont.inra.fr
Chef de projet : Emmanuelle Lagendijk – emmanuelle.lagendijk@paris.inra.fr
www.breedwheat.fr

AMAIZING conjugue des approches génotypiques phénotypiques mettant en œuvre des techniques d’analyses haut débit afin d’identifier les facteurs impliqués dans les caractères d’intérêt agronomique tels que le rendement, la qualité et la tolérance aux stress abiotiques. Le projet permettra in fine de développer des outils et méthodes de sélection directement exploitables par les acteurs industriels afin de soutenir la compétitivité des filières françaises de sélection et de production du maïs.
Le projet a débuté le 1er octobre 2011.

Contacts :
Coordinateur : Alain Charcosset – alain.charcosset@moulon.inra.fr
Chef de projet : Claire Nodet – claire.nodet@paris.inra.fr
www.amaizing.fr

genius L'agriculture mondiale a pour mission de garantir la sécurité alimentaire, tout en remplaçant les ressources fossiles, en diminuant son impact environnemental et en s'adaptant au changement climatique. Alors que la France et certains pays européens relèvent l'aspect génétique de ce défi par la seule sélection génomique, un nombre croissant de pays agricoles majeurs fait appel à la transgénèse pour élargir le réservoir des gènes disponibles. Par ailleurs, la transgénèse est d'ores et déjà une technologie indispensable aux semenciers et scientifiques français pour rester compétitifs au niveau mondial.

Des avancées récentes en transgénèse proposent maintenant des réponses à certaines craintes citoyennes. En particulier, l'émergence de la technologie des nucléases permet désormais des modifications du génome végétal d'une très grande précision. Dans ce contexte il est stratégique de veiller au maintien d'un savoir-faire de haut niveau en transgénèse, de participer activement au débat autour de ces nouvelles technologies et de démontrer leur applicabilité et leur intérêt chez un grand nombre d'espèces cultivées.
Le projet, coordonné par l’Unité Mixte de Recherche "Reproduction et Développement des Plantes" (UMR RDP, INRA Lyon), fournira aux scientifiques et sélectionneurs français, un savoir-faire de pointe, le matériel biologique et la propriété intellectuelle associés, et ouvrira la voie pour une génomique fonctionnelle à haut débit et une sélection végétale à la hauteur des défis à relever. Le matériel biologique produit sera soit porté directement sur le marché des semences soit optimisé préalablement. L'information technique et le cadre éthique fourni au citoyen et législateur français pourraient à terme alléger la charge règlementaire pour les experts comme pour les demandeurs. Pour atteindre ces objectifs, le projet GENIUS associera 15 partenaires publics et privés, dont 9 unités de recherche publique, dans les domaines des sciences de la vie et des sciences sociales et 6 entreprises du secteur privé spécialisées dans la création variétale et les biotechnologies. Ce consortium ainsi formé, créera une synergie et restructurera des entités, jusqu’à maintenant focalisées sur une espèce ou un champ d’application donnés, en une véritable communauté unie par un objectif technique commun.
Le projet a démarré le 1er septembre 2012 pour une durée de 8 ans. Il bénéficiera, d'un investissement total de 21,3 millions d'euros (dont 6 millions d'euros de subvention de l'ANR).

Contacts :
Coordinateur : Peter Rogowsky – peter.rogowsky@ens-lyon.fr
Chef de projet : Laure Trannoy – laure.trannoy@paris.inra.fr
www.genius-project.fr

Coordonné par l’Unité Mixte de Recherche en "Génétique et Ecophysiologie des Légumineuses à Graines" (UMR LEG) du Centre INRA de Dijon, le projet PeaMUST a pour ambition de relever les défis environnementaux et sociétaux de la culture du pois protéagineux en France. Avec l'ambition de soutenir la compétitivité de la filière française, PeaMUST bénéficie d'un investissement total de 18,2 millions d’euros sur 7 ans et 7 mois, dont 5,5 millions d’euros de subvention de l'ANR.

PeaMUST réunit l’expertise scientifique et technique de 26 partenaires publics et privés - 13 unités de recherche publique, 2 instituts techniques, une association interprofessionnelle, un CRITT, un pôle de compétitivité ainsi que 8 entreprises et coopératives représentant les acteurs industriels majeurs de la filière du pois en France et à l’international. L'objectif du projet PeaMUST est de mettre à disposition de la filière protéagineuse en France, des innovations à la fois génétiques et agronomiques, permettant une hausse de la productivité du pois. Ce projet repose sur la complémentarité de ces partenaires et permettra de développer les connaissances et les technologies nécessaires à la création de nouvelles variétés pour répondre aux aspirations d’une production durable et de qualité.
Le projet a démarré le 1er juin 2012.

Contacts :
Coordinatrice : Judith Burstin -judith.burstin@dijon.inra.fr
Chef de projet : Anne-Lise Brochot -anne-lise.brochot@dijon.inra.fr

rapsodyn

La production mondiale d'oléagineux va devoir faire face dans les trente prochaines années à une demande croissante déclenchée par une combinaison de plusieurs facteurs, dont : 1) une consommation alimentaire en nette hausse, 2) le développement du secteur industriel des biocarburants, et 3) les besoins en chimie verte. Dans un contexte de maintien, voire de réduction, des surfaces cultivées, une augmentation significative du rendement des cultures oléagineuses est nécessaire.

L’optimisation du rendement en huile par hectare et de l'efficacité d'utilisation de l'azote (Nitrogen Use Efficiency - NUE) sont donc les principaux objectifs de RAPSODYN. Le projet, coordonné par l'Unité Mixte de Recherche "Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (UMR IGEPP, INRA Rennes), est principalement centré sur le développement d’outils novateurs pour étudier les relations entre le polymorphisme moléculaire et le phénotypage fin de la NUE.
Pour atteindre ces objectifs, RAPSODYN rassemblera 16 partenaires dont 5 sélectionneurs, une entreprise de biotechnologies, un institut technique et 9 laboratoires académiques.
Avec l'ambition de soutenir la compétitivité de la filière de sélection française, RAPSODYN bénéficie d'un investissement total de 20 millions d'euros (dont 6M€ de subvention de l'ANR) sur 7.5 ans. Cette durée, compatible avec la durée d’un cycle de sélection, devrait permettre d'obtenir, à l'issu du projet, une première génération de variétés améliorées pour l’efficacité d’utilisation de l’azote et le rendement.
Le projet a démarré le 1er juillet 2012.

Contacts :
Coordinatrice : Nathalie Nesi - nathalie.nesi@rennes.inra.fr
Chef de projet : Annick Bellamy - annick.bellamy@rennes.inra.fr
www.rapsodyn.fr

sunrise La production française de graines oléagineuses devra faire face à une demande croissante au cours des trente prochaines années, à la fois du fait de l’augmentation de la consommation alimentaire des pays émergents, du développement des biocarburants et des besoins de la chimie. Le tournesol représente une source renouvelable majeure pour l’alimentation humaine et animale et l’énergie verte.

Le projet SUNRISE, coordonné par l'Unité Mixte de Recherche "Interactions Plantes-Microorganismes" (UMR LIPM, INRA Toulouse) propose pour l’amélioration génétique du tournesol un changement de paradigme pour affronter le challenge que constituent conjointement la satisfaction des besoins alimentaires et la durabilité de la production agricole. La disponibilité prochaine de la séquence génomique de Helianthus annuus ainsi que la rupture créée par l’arrivée des nouvelles technologies de séquençage et le développement de plateformes de phénotypage et de bio-informatique offre un contexte favorable pour relever ce défi et pour renforcer la compétitivité de l’industrie française des semences.
Dans un effort sans précédent (8 ans, 10 laboratoires publics et 7 entreprises) SUNRISE donnera la possibilité de stimuler le progrès génétique et d’améliorer la production d’huile issue de la culture d'hybrides de tournesol en condition de disponibilité réduite en eau par une meilleure valorisation de la diversité génétique de Helianthus annuus.
SUNRISE se propose donc de mettre en évidence les gènes et leur organisation en réseaux qui influent sur la stabilité de la production, et à partir de ces résultats d’identifier au sein des ressources génétiques cultivées et sauvages quels sont les allèles d’intérêt pour l’amélioration génétique.
Le projet a démarré le 1er septembre 2012. Il bénéficiera, d'un investissement total de 21,6 millions d'euros (dont 7 millions d'euros de subvention de l'ANR).

Contacts :
Coordinateur : Nicolas Langlade - nicolas.langlade@toulouse.inra.fr
Chef de projet : Laure Trannoy – laure.trannoy@paris.inra.fr
www.sunrise-project.fr

Le projet ProBio3 porté par l’INRA et piloté scientifiquement par le LISBP, unité mixte de l’INSA Toulouse (INRA et CNRS), plus précisément l’Equipe Génie Microbiologique, Analyse Systémique et Innovation des Procédés a démarré le 1er juillet 2012.
Il vise à développer une nouvelle filière de production de biocarburants : la PROduction BIOcatalytique de BIOproduits lipidiques à partir de matières premières renouvelables et co produits industriels : Application BIOkérosène.
Ce projet innovant de 90 mois représente un investissement de 24,6 millions d’euros et reçoit une aide de 8 millions d’euros de la part du Commissariat Général à l’Investissement. Au cœur des priorités de l’industrie aéronautique avec la forte croissance en Biokérosène projetée sur les prochaines années, ses objectifs sont :
Identification de ressources renouvelables ou industriels non valorisées adaptées aux exigences nutritionnelles des microorganismes oléagineux
Développement de bioprocédés intensifs de production de lipides à usage Biokérosène
Preuve de faisabilité de la filière (m3) avec l’évaluation des impacts environnementaux, économiques et sociétaux.

Les impacts attendus sont :
Des avancées dans la connaissance fondamentale du métabolisme lipidique chez les microorganismes oléagineux et les microalgues par similitude,
L’accélération du développement de souches industrielles et de stratégies de fermentation par des technologies à haut débit,
Une étude réaliste de changement d’échelle pour un pilote industriel,
Des atouts compétitifs pour une position de leader en production microbienne de lipides afin d’atteindre la cible BioJetFuel 2Mt annuel en 2020,La création d’emplois sur la chaine complète d’approvisionnement,
Ce projet regroupe: 8 partenaires académiques (LISBP, IGM/UPSud, MICALIS, IJPB, IMFT, Toulouse White Biotechnology ,SQPOV, Toulouse School of Economics), 4 industriels ( EADS, Tereos Syral, Airbus, Sofiproteol) le centre de recherche IFPen et 3 centres techniques nationaux (CREOL, CVG, ITERG) associant leurs compétences interdisciplinaires des Sciences du Vivant au Génie des Procédés en incluant les Sciences Economiques et Sociales, dans 7 groupes de travail.

Contacts :
Coordinatrice : Carole Molina-Jouve - Carole.Jouve@insa-toulouse.fr
Chef de projet : Laure Akomia - laure.akomia@paris.inra.fr

bff Annoncé le 28 février dernier par le Ministère, Biomasse pour le futur (Biomass For the Future, BFF) est un des 8 projets lauréats du second appel à projets « Biotechnologies et Bioressources » - de la rubrique d'excellence "Santé et biotechnologies " du programme Investissements d'Avenir.

Le projet BFF est piloté par l'Institut Jean-Pierre Bourdin (IJPB) du centre INRA de Versailles-Grignon, un des plus grands centres de recherche européens dans le domaine de la biologie des plantes et rassemble l'ensemble les compétences et expertises de 22 partenaires (9 laboratoires publics, 1 institut technique, 10 PME et grands groupes dans les domaines de la biotechnologie, de l'agronomie, des semences, des composites et des matériaux de construction ainsi que 2 Communautés d'Agglomération) nécessaires à l'élaboration et à la mise en place d'une filière de production et d'utilisation industrielle de la biomasse de miscanthus et de sorgho au niveau de localités pionnières.

BFF vise à relever les enjeux environnementaux et sociétaux de la production et de l'exploitation de biomasse pour favoriser le développement de filières vertes d'avenir :

Développer les cultures destinées à la biomasse non alimentaire en France en créant de nouvelles variétés et des systèmes de culture de miscanthus (nord de la France) et de sorgho (sud de la France) ayant un faible impact environnemental et une composition adaptée aux applications industrielles ;
Structurer toute la chaîne de valeur industrielle pour les secteurs des biomatériaux et de bioénergies en favorisant l'organisation des filières au niveau local avec la participation des industriels et des parties prenantes des régions concernées.

Le projet propose des approches multidisciplinaires innovantes alliant la modélisation et la biologie de système pour caractériser l'architecture, le métabolisme et la composition de la plante les plus adaptées à la production de biomasse. Le projet contribuera à la valorisation des terres agricoles "marginales" et au développement d'une nouvelle économie verte locale en impliquant l'ensemble des parties prenantes sur un territoire dédié.

Contacts :
Coordinateur : Herman Höfte - herman.hofte@versailles.inra.fr
Chef de Projet : Laure Trannoy - laure.trannoy@paris.inra.fr
www.biomassforthefuture.org

3 INFRASTRUCTURES

Phenome équipera la communauté scientifique française avec une infrastructure et une série de méthodes capables de caractériser des panels de génotypes de différentes espèces (les principales espèces agronomiques) sous divers scénarios associés aux changements climatiques. Ses objectifs sont (i) construire ou finaliser des plates formes fortement instrumentées sur cinq sites en France, capables dans leur ensemble de répondre aux besoins concernant les principales espèces agronomiques et contraintes environnementales (ii) Développer des applications matérielles et logicielles comportant des sauts technologiques, avec le développement de nouveaux capteurs, méthodes d'analyse et bases de données compatibles avec des millions de données (iii) Diffuser les techniques et méthodes vers la communauté française de phénotypage (sociétés semencières, instituts techniques, recherche publique), et faciliter l'émergence de PME françaises impliquées dans le développement de méthodes de phénotypage. Le consortium de Phenome rassemble 12 groupes académiques et deux instituts techniques

Phenome sera un outil essentiel pour (i) la communauté académique, permettant le développement de programmes originaux de genetique / genomique, (ii) les compagnies semencières privées qui auront accès à l'infrastructure via des collaborations et des contrats bilatéraux, (iii) des PME françaises qui bénéficieront du projet directement via des sous traitances, et indirectement pour leur faciliter l'accès à des marchés internationaux du phénotypage et de l'agriculture de précision.
Le projet a débuté le 1er Septembre 2012.

Coordinateurs :
François Tardieu - francois.tardieu@supagro.inra.fr
Jacques Le Gouis - Jacques.LEGOUIS@clermont.inra.fr
Chef de projet : Pamela Lucas - pamela.lucas@paris.inra.fr
www.phenome-fppn.fr

crb animal CRB ANIM - Réseau de Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques

L’objectif de ce projet est d’intégrer et de renforcer les centres de ressources biologiques (CRB) conservant du matériel reproductif et du matériel génomique pour les espèces d’animaux domestiques élevées en France, mammifères, oiseaux, poissons et coquillages.
Le réseau CRB-Anim associe des organismes publics de recherche (INRA, CNRS) des établissements d’enseignement supérieur (Université de Tours, Université de Rennes I, AgroParisTech, Ecoles Nationales Vétérinaires) une fondation scientifique (FRB) et deux plateformes privées, le GIE LABOGENA et l’entreprise ANTAGENE, qui hébergent des collections génomiques pour les éleveurs. Cette infrastructure nationale compte 6 nœuds localisés près de Paris, Rennes, Tours et Lyon, qui conservent environ 530000 échantillons biologiques (semence, embryons, cellules, tissus, ADN, ARN). CRB-Anim répond à deux priorités de la stratégie nationale de recherche et d’innovation : (1) santé, alimentation, bien-être et (2) urgence environnementale pour la préservation de la biodiversité. Ce projet figure parmi les lauréats de l’appel à projets des Investissements d’Avenir 2011 et recevra 11 millions d’euros sur une durée totale de 8 ans.
Ce projet répond à deux enjeux majeurs pour la science et la société : l'érosion de la biodiversité, en particulier dans les espèces d'élevage soumises à une sélection intensive, et l'essor de la génomique, qui ouvre une ère nouvelle pour comprendre les relations entre phénotype et génotype et valoriser la richesse phénotypique issue de la domestication des animaux. Ces recherches ont besoin de pouvoir accéder à des échantillons biologiques caractérisés et de disposer d'outils de cryopréservation des ressources biologiques.

Coordinateur : Michèle Tixier-Boichard - michele.boichard@jouy.inra.fr
Chef de projet : Pierre de Renty – pierre.derenty@paris.inra.fr
www.crb-anim.fr

Le projet infrastructure MetaboHUB a pour but de créer une plateforme nationale de métabolomique et de fluxomique et qui devra placer la France parmi les leaders européens dans le domaine. Cette infrastructure va fournir des outils et des services de métabolomique aux laboratoires académiques et aux privés pour faire avancer la recherche et l’innovation dans tous les domaines où la compréhension et l’analyse du métabolome est en enjeu majeur : la nutrition, la santé, l’agriculture et les biotechnologies.
MetaboHUB fédère 4 plateformes de métabolomique et fluxomique (« Bordeaux Metabolome Platform », INRA, Université de Bordeaux et CNRS), « MetabolomeIDF » (Paris-Saclay, CEA et Université Pierre et Marie Curie), MetaToul (Toulouse, Université Paul Sabatier, INSA, INRA, CNRS et INSERM) et “Exploration du Métabolisme ” (Clermont-Ferrand, INRA et Université Blaise Pascal), chaque plateforme ayant développé des méthodes et des connaissances de pointe dans des domaines scientifiques particuliers : la santé, la nutrition, l’environnement et les biotechnologies verte et blanche. La forte synergie entre ces plateformes se traduira dans un premier temps par le partage des méthodes mises en œuvre dans une étude en métabolomique/fluxomique le long de toute la chaîne d’analyse, c’est-à-dire des techniques de paillasse aux outils bioinformatiques (« wet to dry metabolomics »). Le MetaboHUB va ainsi se doter des forces nécessaires à la mise au point de nouveaux outils méthodologiques afin de résoudre les obstacles actuels. Dans un second temps, MetaboHUB mettra ses compétences, méthodes et outils au service de projets d’envergure développés en collaboration avec des acteurs publics et/ou privés.
Des retombées dans les domaines cités plus haut (santé, environnement…) sont attendues.

Contacts :
Coordinateur : Dominique Rollin (dominique.rollin@bordeaux.inra.fr)
Chef de projet : Caroline Sautot (caroline.sautot@paris.inra.fr)
www.metabohub.fr

2 DEMONSTRATEURS PRE INDUSTRIEL

Inra Transfert accompagne TWB tout particulièrement dans les missions suivantes :

Cadrage annuel du plan global de business développement
Organisation des kick-off meetings avec les clients et prospects potentiels
Réalisation des outils de communication externes (sites web, brochure, posters)
Mise en place des plateformes de travail collaboratifs
Reporting annuel à l’ANR

Par ailleurs Inra Transfert assiste Métagénopolis dans le développement du portefeuille de recherche contractuelle avec les industriels

Toulouse White Biotechnology (TWB) a pour vocation de contribuer au développement d’une bioéconomie basée sur l’utilisation du carbone renouvelable comme matière première de l’industrie de demain, respectueuse des filières alimentaires existantes.
Pour cela, TWB poursuit un double objectif :

faciliter l’interface recherche publique / industrie dans le domaine des biotechnologies blanches
favoriser le développement de nouvelles voies de production durable par l’utilisation d’outils biologiques innovants (enzymes, microorganismes) et de procédés compétitifs.

Les domaines d’application concernés sont la production d’intermédiaires pour la chimie, de biomatériaux, de biopolymères et de biocarburants.

TWB couvre une large gamme d’activités de recherche et de développements industriels, allant de l’ingénierie biologique (ingénieries enzymatique et métabolique, biologie de synthèse) à la mise au point de procédés à l’échelle du pilote préindustriel. Pour mener ses projets, TWB associe une approche créative à une démarche éthique et de développement durable.

TWB repose sur une synergie avec le Laboratoire d’Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP) de l’INSA de Toulouse (UMR INRA 792, UMR CNRS 5504). Des collaborations avec d’autres laboratoires publics sont également actives, comme celle avec le biocluster Genopole d’Evry.

Différents types de projets collaboratifs de recherche et développement sont proposés :

les projets dit « précompétitifs » sont réalisés en amont de la recherche appliquée et génèrent de la propriété industrielle (PI) vers le domaine public.
les projets dits « compétitifs » sont financés par les partenaires de TWB ou des tiers sur des thématiques de recherches plus appliquées ouvrant des possibilités d’exploitation à court ou moyen terme, la PI générée restant la propriété de l’industriel.

Des plateaux techniques équipés de matériel de pointe sont mis à disposition des chercheurs et personnels techniques dans le cadre des projets de recherche. Des prestations de service sont également proposées sur ces plateaux.

Lauréat en mars 2011 du Programme Investissements d’Avenir (PIA), TWB repose sur une Unité Mixte de Service, placée sous la triple tutelle INRA/INSA/CNRS (UMS INRA 1337 ; UMS CNRS 3582). L’UMS, labellisée par l’Institut Carnot 3BCAR, est gérée par l’INRA qui mandate sa filiale INRA TRANSFERT pour coordonner et animer le fonctionnement de la cellule exécutive du dispositif.
La cellule exécutive a en charge le fonctionnement courant de TWB, sous l’autorité du Comité d’Orientation Stratégique du Consortium. Ce consortium privé - public original rassemble une trentaine de partenaires privés et publics qui partagent des objectifs socio-économiques communs et travaillent ensemble pour orienter et accélérer les projets de TWB.

Contacts :
Coordinateur du projet : Pierre Monsan - pierre.monsan@insa-toulouse.fr
Chef de projet : Olivier Galy - ogaly@insa-toulouse.fr
Business Management : Michel Manach - mmanach@insa-toulouse.fr
www.toulouse-white-biotechnology.com

MetaGenoPolis (MGP) est un démonstrateur préindustriel en biotechnologie financé par le programme des Investissements d’avenir à hauteur de 19M€. Coordonné par l’Institut National de la Recherche Agronomique, il associe comme membres fondateurs l’Institut Hospitalo-Universitaire ICAN et l’Université Catholique de Lyon.

Le but premier de MGP est de démontrer l'impact du microbiote intestinal humain sur la santé et le rôle qu’il joue dans les maladies non-infectieuses, en mettant à la disposition des communautés médicales, académiques et industrielles les outils les plus novateurs et performants dans le domaine.
Pour atteindre ces objectifs stratégiques, MGP développe des quatre plateformes technologiques :

Sambo assemble les automates nécessaires pour le traitement et le stockage des échantillons de contenus intestinaux. L'objectif final est de préparer l'environnement indispensable à la création d'une biobanque nationale d’échantillons intestinaux humains, permettant de stocker et manipuler plus d'un million d'échantillons, en réponse à la demande croissante issue d’essais cliniques et de grandes cohortes épidémiologiques et nutritionnelles.
MetaQuant met en œuvre le séquençage d'ADN à haut débit et développe des outils de bio-informatique spécifiques pour la quantification de l'abondance relative des gènes et espèces bactériennes dans les échantillons intestinaux humains. La comparaison des profils métagénomiques entre individus permet (i) de définir le microbiote intestinal "normal", (ii) d'explorer les associations entre les microbes intestinaux et les maladies, la réponse aux traitements médicaux ou à l'alimentation, (iii) de proposer un suivi dans le temps de l'effet d'interventions (médicaments ou aliments).
MetaFun met en œuvre un outil automatique de construction de banques métagénomiques (collections de clones porteurs de l’information génétique d’un échantillon), ainsi que les outils de criblage nécessaires pour découvrir les clones métagénomiques capables de moduler des fonctions cellulaires (immunité, prolifération, métabolisme, etc.). L’objectif est d’identifier les molécules et mécanismes du dialogue entre bactéries intestinales et cellules humaines.
Soca détermine l'impact sociétal et éthique de la recherche en métagénomique humaine dans le domaine de la nutrition et de la médecine, et étudie l’incidence de la translation des découvertes en applications pertinentes pour la préservation de la santé.

D’ici 2015, MGP aura démarré au moins 15 projets de recherche et développement avec des partenaires industriels. Les objectifs quantitatifs associés de MGP sont de mettre en place le contexte expérimental et bioinformatique permettant d’analyser 7.000 échantillons par an sur MetaQuant et d’avoir criblé 200.000 clones métagénomiques sur MetaFun. Sambo pourra dans le même temps accueillir 10.000 échantillons par an et aura développé un prototype permettant de traiter les échantillons de façon totalement automatisée.

Coordinateurs :
Joel Doré - joel.dore@jouy.inra.fr
Stanislas Dusko Ehrlich - dusko.ehrlich@jouy.inra.fr
www.mgps.eu